Los discípulos de Aristóteles utilizaron el término metafísica por primera vez (literalmente quiere decir "después de la física") para referirse a lo que su maestro describió como "filosofía primera", posteriormente conocida como ontología. La ontología es la investigación del ser en tanto que ser, o del ser en general, más allá de cualquier cosa en particular que es o existe. En algunos filósofos, sobre todo de la escuela de Platón, sostienen que todos los sustantivos se refieren a entidades existentes. Otros afirman que los sustantivos no siempre nombran entidades, sino que ofrecen una forma de referencia a una colección de objetos o sucesos. En este sentido, la mente, en lugar de referirse a una entidad, se refiere a una colección de sucesos mentales experimentados por una persona.

Historia del término

Al parecer el primero en usar la expresión “ontología" (aunque con caracteres griegos) en sentido filosófico fue Rodolfo Goclenio en obra Lexicon philosophicum, quo tanquam clave philosophiae fores aperiuntur en el año 1613. Se afirma allí que la ontología es la filosofía del ente.

Después de diversos usos y su paso a caracteres latinos, Leibniz usa la expresión en su Introductio ad Encyclopaediam arcanam y la define como “ciencia de lo que es y de la nada, del ente y del no ente, de las cosas y de sus modos, de la sustancia y del accidente”.

Ya como término técnico la encontramos en la obra Ontologia sive de ente in genere de Jean Le Clerc publicada en 1692. Y Christian Wolff la populariza definiéndola como “ciencia del ente en general, en cuanto que ente”. Afirma que usa un método demostrativo o deductivo y analiza los predicados que corresponden al ente en cuanto ente.

Todos estos sentidos contribuyeron a identificarla en la práctica con la metafísica.

El problema ontológico

El problema central de la ontología fue presentado muy elocuentemente por Willard van Orman Quine en su artículo Sobre lo que hay:

Un rasgo curioso del problema ontológico es su simplicidad. Puede formularse en dos monosílabos castellanos: «¿Qué hay?». Puede además responderse en una sola palabra: «Todo», y todos aceptarán esta respuesta como verdadera. Sin embargo, esto es sólo decir que hay lo que hay. Queda lugar para discrepancias en casos particulares; y así la cuestión ha persistido a través de los siglos.

En general, cada uno de estos "casos particulares" presenta un problema distinto. Desde la segunda mitad del siglo XX, el naturalismo imperante ha determinado que los debates metafísicos sean principalmente acerca de la existencia o no de todo aquello que parece entrar en conflicto con la descripción del mundo provista por las teorías científicas más exitosas. Esto se refleja en la elección de algunos de los casos que se mencionan a continuación:

• Las entidades abstractas: Es ampliamente aceptado que todas las entidades caen en una de dos categorías: o son abstractas, o son concretas. Los números, los conjuntos y los conceptos son algunos ejemplos de entidades que intuitivamente clasificamos como abstractas, mientras que el planeta Venus, este árbol y aquella persona son ejemplos intuitivos de entidades concretas. Sin embargo, todavía no existe un criterio aceptado para decidir cuándo una entidad es abstracta y cuándo concreta, aparte de la intuición. Además, tampoco existe acuerdo sobre si las entidades abstractas siquiera existen, y en caso de que existan, sobre cuáles existen.
• Las entidades del sentido común: Al encontrar una silla, ¿debemos decir que lo que hay en el mundo es una silla? ¿O sería más correcto decir que lo que hay, estrictamente hablando, es un montón de moléculas? ¿O quizás un montón de átomos? Y está claro que este argumento puede extenderse a muchas otras entidades del sentido común.
• Los universales: Los universales (también llamados propiedades, atributos o cualidades) son los supuestos referentes de los predicados como "verde", "áspero", "amigo" o "insecto". La existencia de los universales se postula para justificar nuestra manera de hablar acerca de los individuos. Así por ejemplo, estamos justificados en decir de una planta que "es verde", porque la planta posee el universal verde, o alternativamente porque el universal verde esta presente en la planta. Además, podemos decir de varias cosas que "son todas verdes", porque el universal verde, siendo algo distinto de las cosas, está sin embargo presente en todas ellas. El problema de los universales es acerca de si los universales existen, y en caso de que así sea, cuál es su naturaleza: si existen en las cosas (in re), o independientemente de ellas (ante rem), o en nuestra mente, por mencionar algunas posturas.
• La mente y lo mental: Al abrir una cabeza, lo que vemos no es una mente, con pensamientos, ideas y recuerdos, sino materia. ¿Será que lo mental es una ilusión, y que todo lo que hoy describimos en términos mentales puede reducirse a los procesos físicos que observa la ciencia? ¿O será que lo mental es algo efectivamente existente, inmaterial e inobservable? Para un poco más de discusión, véase El problema mente-cuerpo.
• Los agujeros: A primera vista, los agujeros están "hechos de nada". ¿Cómo es posible, pues, referirnos a ellos como si fueran objetos comunes? ¿Cómo es posible percibirlos? ¿Qué percibimos?

La ontología como disciplina diversa de la metafísica

Dada la acepción cada vez más restringida que la ontología iba tomando, dentro de la Neo escolástica quedó como una investigación de las propiedades estáticas, y en algunos casos las propiedades trascendentales. De ahí que Kant pueda afirmar –trasladando esta noción a su propia filosofía–, que la ontología es el estudio de los conceptos a priori que residen en el entendimiento y tienen su uso en la experiencia, llevando la noción hacia un sentido más inmanente.

Husserl

Según Husserl la ontología es una ciencia de las esencias que puede ser formal o material. La primera se dedica a las esencias formales, es decir, a las propiedades de todas las esencias. Las ontologías materiales tratan de esencias materiales y se restringen según los modos de sus objetos. Por tanto, son llamadas también “ontologías regionales”. Obviamente la ontología formal abarca todas las materiales e incluso las del ser.

Heidegger

Heidegger afirma que existe una ontología fundamental que es llamada “metafísica de la existencia” que se encarga de descubrir “la constitución del ser de la existencia”. La ontología se refiere entonces a las condiciones de posibilidad de las existencias o al ser mismo en su apertura originaria.

Además, insiste en diferenciar la metafísica de la ontología, alegando que son radicalmente distintas, pues la primera confunde ser con ente; mientras que la segunda, parte precisamente del hecho de que son diferentes.

Hartmann

Partiendo de una crítica de la noción de ontología como metafísica y con ella de toda la escolástica, Hartmann afirma que la ontología es en realidad la crítica que permite descubrir los límites de la metafísica y qué contenidos pueden ser considerados racionales o inteligibles.